地球連邦政府の圧政に対抗するため、反政府組織「マフティー」が政府高官暗殺という手段で抵抗を開始。そのリーダーの正体は一年戦争でアムロ・レイと共に戦ったブライトの息子、ハサウェイ・ノアだった。過去のトラウマを呼び起こされたハサウェイがアデレード会議襲撃に向けて行動を進めていく一方で、連邦軍のケネス・スレッグもまたマフティー殲滅作戦の準備を進めており、それぞれの思惑が交錯していく……。

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